Puno est localisé dans le plateau de Callao sur les rives du lac Titicaca. Il fût découvert en 1668 et est le port principal du plus haut lac naviguable du monde. La légende dit que Manco Capac, le premier Inca, et Mama Ocllo, sa soeur-épouse, sont sortis des eaux du lac Titicaca pour créer Puno. Le couple royal serait un ascendant des indiens Uros qui habitent sur les fameuses îles flotantes du mêmem nom.
La ville est très bien connectée à Cusco par train et il y a des avions qui y volent quotidiennement depuis Lima via Juliaca.