En el departamento de Madre de Dios (su capital es la ciudad de Tambopata - Puerto Maldonado) se encuentran tres áreas de conservación de gran importancia:
la Reserva de Biosfera del Manu (declarada por la Unesco como Patrimonio Natural de la Humanidad en 1987), la Zona Reservada Tambopata-Candamo (con poblaciones intactas de varias especies en extinción, como la nutria gigante y el águila harpía) y el Parque Nacional Bahuaja-Sonene (que alberga 450 especies de aves).